За наступника Остафага, гетьмана Ручинськова, козаки Наддніпрянщини в обмін на обіцяну субсидію земель і грошей від польської корони прийняли спосіб оборони кордону, який згодом ліг в основу відомої військової організації «запорожців». Загальний план цієї військової системи багато в чому нагадує умови сучасної козацької військової служби. За старшими, немічними та ветеранами кількох походів зберігався привілей сімейного життя в козацьких поселеннях або станицях, розкиданих по берегах верхнього Дніпра, поблизу Києва. Тут вони обробляли ґрунт і пасли отари, які становили основне багатство громади.
Тим часом молодші чоловіки зібралися в озброєні табори та на форпости на островах під Катарактами, готові до будь-якої військової пригоди, яка може виникнути. Ці військові збори, або збори, були особливо частими протягом літніх місяців або в будь-який час, коли можна було очікувати ворожих набігів. Якщо ніякі набіги турків чи татар не загрожували козацьким поселенням — або землям Польської республіки, яку вони повинні були захищати — організовувалися походи проти турецьких колоній на берегах Чорного моря. Довгі козацькі човни, понівечені добірними воїнами, стріляли тоді Дніпровими порогами, падаючи з раптовий удар грому в якійсь віддаленій точці турецького узбережжя, ще до того, як чутки про їхнє наближення могли дійти до аванпостів ворога.
Взимку лише більш стратегічні або загрозливі пункти серед островів були укріплені й залишені під контролем перевіреного гарнізону, що складався з кількох тисяч чоловік. Ці вибрані війська (поляки їх називали Prcesidenti) були загонами, які згодом прославилися під місцевою назвою «За пороги» — або «люди з-за порогів». Головний табір запоріжців, захищений форпостами та грубою фортецею, називався Січ.
Рання військова організація та стратегія цих дніпровських козаків, ймовірно, мало відрізнялася від військової організації татар. Проте наприкінці XVI ст. не лише січові гарнізони, а й війська та ополчення, розташовані в землеробських поселеннях вздовж верхнього Дніпра, виробили характерну систему військової служби.
При гетьманстві Богдані Костчинській, владу якого визнавала більшість вільного козацтва, розселеного вздовж польських кордонів. Король Стефан Баторі знайшов лідера, здатного вивести порядок і дисципліну з анархії, яка існувала раніше. Богдану він урочисто присвоїв гідність «гетьмана України» і водночас вручив йому чудову грамоту.